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多潘立酮作用于外周多巴胺受體，可促進胃腸蠕動，改善胃竇及十二指腸的協調作用，提高下食管括約肌的張力，可改善胃輕癱。紅霉素也能增強胃動力，刺激胃腸蠕動，對正常人無影響，用量小而安全。兩者聯合應用起協同作用，可用于糖尿病胃輕癱患者的治療。
多潘立酮和唑類抗真菌藥都主要通過肝酶CYP4503A4代謝，兩者合用可使血藥濃度升高，可能導致或加重肝功能損害。
多潘立酮可加快胃排空，使具有抗幽門螺桿菌作用的抗生素如克拉霉素和甲硝唑等藥物在胃內的停留時間縮短，從而降低它們抗幽門螺桿菌的作用，故不宜聯合使用。
此外，多潘立酮與碳酸鋰或地西泮聯合應用，可引起錐體外系癥狀，故不宜聯合應用。
氫氧化鋁、鋁碳酸鎂等抗酸藥要求在胃內停留時間長，以便于充分與胃黏膜接觸，從而起到保護胃黏膜的作用。臨床上常與抗膽堿藥聯合使用以延長胃排空時間，而多潘立酮的作用是促進胃排空，因此不宜與抗酸藥聯合使用。
胃蛋白酶、干酵母等助消化藥主要有消化蛋白質的作用，但它們在酸性條件下作用最強，而多潘立酮可增強胃腸蠕動，使助消化藥迅速到達腸腔，療效降低，故兩者不宜聯合使用。
甲氧氯普胺與多潘立酮同屬多巴胺受體拮抗劑，均能增強胃腸蠕動，促進胃的排空。據文獻報道，多潘立酮的止吐作用是甲氧氯普胺的23倍，兩者聯合使用屬于重復用藥，可增加不良反應的發生率。
西咪替丁、雷尼替丁等H2受體阻滯劑主要作用是抑制胃酸的分泌，從而促進潰瘍面的修復。多潘立酮促進胃腸蠕動，使H2受體阻滯劑在胃內停留時間縮短，抗胃酸分泌的作用減弱，從而影響療效。另外，H2受體拮抗劑具有輕度抗雄激素作用，可引起高促乳素血癥、男性乳房發育和乳房脹痛及女性溢乳等，多潘立酮也有刺激催乳素分泌的作用，兩者合用不僅影響療效，還可加重不良反應發生，故不宜聯合使用。
阿托品、顛茄、山莨菪堿等M受體阻滯藥主要作用是抑制胃腸蠕動、延遲胃排空時間。而多潘立酮作用與其恰恰相反，主要是增加胃腸蠕動，加快胃排空。兩種藥物不宜聯合使用。